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核酸樣本轉運技術獲突破,GeneStore率先實現常溫運輸!

日期:2021-12-02

生物樣本中的核酸(DNA/RNA)會因為核酸酶、溫度、pH值、微生物、自身化學性質等因素而發生被動或主動降解。然而,當前市面上主流的生物樣本保存技術和產品并非專門為分子診斷而開發。

作為分子診斷的第一步——高質量的核酸樣本保存,對于分子診斷意義重大,近年來已逐漸被WHO、FDA和CDC所重視。高質量的生物樣本保存,需要達到完整、保真和安全的目的,針對檢測而言,樣本保存所秉承的理念為:

-高質量的輸入才有高質量的輸出;

-垃圾輸入=垃圾輸出。

白堊紀生物科學家一直致力于給分子診斷行業提供更多“核芯”技術,核酸樣本保存技術即為其中之一。傳統的核酸樣本轉運方式為:“樣本嚴格的包裝——專業冷鏈運輸——冷凍保存”;“紀者們”創新性的開發了自有專利技術(GeneStoreTM技術),將樣本轉運方式升級為:“普通包裝——室溫運輸——室溫儲存”,極大簡化了樣本轉運和保存的可操作性,提升了分子診斷遠程服務的可行性。

核酸樣本轉運技術獲突破,GeneStore率先實現常溫運輸!

當前,GeneStoreTM核酸樣本保存技術主要服務于三大領域:1)人類基因組DNA檢測和學術研究;2)微生物組學研究;3)傳染性病原體核酸檢測。

一、人類基因組DNA檢測和學術研究

“紀者們”開發了一系列針對基因組DNA進行長期保存的技術方案,可應用于拭子、唾液、血清、血漿、組織、細胞等各種類型生物樣本,其中商業化應用最為廣泛的為拭子樣本和唾液樣本。

01、拭子樣本DNA保存

“紀者們”開發了專門針對拭子DNA樣本的長期保存技術,適用于口腔拭子、咽拭子、鼻拭子、宮頸拭子等各種類型拭子樣本。樣本中的DNA可在室溫下穩定保存長達1~3年之久。

數據展示:使用植絨拭子刮取口腔細胞后,保存于1mL GeneStoreTM保存液中,于室溫下放置7~360天后,進行核酸提取獲得DNA產物,分別通過凝膠電泳、Nanodrop、Qubit及qPCR檢測樣本的保存性能。

某真實用戶使用本公司一次性使用采樣器產品(拭子DNA樣本保存),刮取不同人口腔細胞后,室溫存放1個月后進行NGS測序,結果數據顯示基因組對比率超過99.7%(圖5)。


圖5? 對拭子DNA產物進行NGS測序

02、唾液樣本DNA保存

“紀者們”開發了專門針對唾液DNA樣本的長期保存技術,樣本中的DNA可在室溫下穩定保存長達超過1年之久。同時,本品也可用于痰液、尿液、血漿、血清或其它體液類樣本中DNA的長期保存。

數據顯示,經本公司產品保存后的1mL唾液樣本中,使用商業化核酸提取試劑盒,針對大多數人群樣本依然可獲得50μg的基因組DNA產物,可替代血液樣本完成多種基因檢測實驗。

數據展示:將新鮮采集的唾液樣本,按照1:1的體積比保存于GeneStoreTM保存液中,于室溫下放置7至360天后,進行核酸提取獲得DNA產物,分別通過凝膠電泳、Nanodrop、Qubit、PCR及qPCR檢測樣本的保存性能。

二、微生物基因組核酸保存技術

在疾病診斷中,繼人基因組被大規模研究之后,針對微生物基因組的研究正大范圍展開,在眾多領域已經獲得了驕人的成果,比如通過對糞便樣本中微生物組的分析進行腸癌診斷。針對微生物基因組檢測,取樣后對樣本中微生物群落的瞬間定格及穩定保存,對獲得準確的分析結果至關重要。

微生物組研究中,最為常見的樣本類型為糞便和土壤,其中跟人疾病相關的為糞便樣本。糞便樣本非常復雜,其中含有膽汁、膽紅素、亞鐵血紅素以及消化后的食物殘渣等多種物質,極大提升了核酸保存的難度。眾多科學家曾經發表文章,論述了糞便中腫瘤細胞的核酸如未能保存完好,將對下游腸癌檢測的準確性產生重大影響;以及在不同儲存條件下對短期儲存的糞便樣本中,細菌種群組成和多樣性所帶來的影響。

針對微生物組核酸保存,“紀者們”專門開發了相應方案,重點推出了兩款產品:1)用于結直腸癌篩查的糞便樣本DNA保存液。該產品主要針對糞便樣本中DNA的穩定保存,包括腸道腫瘤細胞中DNA的穩定保存;2)可將微生物取樣瞬間信息定格的糞便樣本DNA保存液。該產品可反映取樣時刻的人體內狀態,應用于腸道微生物分析。


數據展示:我們將GeneStoreTM技術對糞便樣本基因組DNA的保存效果與市售產品進行了比較,結果(圖10)顯示:經過GeneStoreTM技術保存的糞便樣本,在第7天和第14天后,DNA依舊主帶清晰未明顯降解,而競品則都已經無法獲得完整性的DNA產物。

三、傳染性病原體核酸檢測

01、病毒樣本核酸保存

“紀者們”開發了可用于新冠病毒、非洲豬瘟病毒、甲流、乙流、禽流感等病原體樣本中DNA/RNA保存技術。可實現樣本中病毒DNA/RNA室溫下的長期保存,保存時間最長可達1年之久;同時,該保存液可在1分鐘內快速滅活病原體,避免工作人員二次傳染的風險。


數據展示:如圖11所示,將慢病毒原液(1x108拷貝/mL)分別與PBS(A)、生理鹽水(B)及GeneStoreTM保存液(C),以1:3體積比混合后進行細胞感染實驗。紫外熒光影像結果顯示(C)組無綠色GFP熒光信號,且RT-PCR結果證實慢病毒攜帶的GFP基因無感染細胞及表達,證明本產品可以快速高效滅活病毒。

如圖12所示,將COVID-19假病毒保存于GeneStoreTM保存液中,室溫下保存60日后,用核酸提取試劑盒提取獲得RNA,然后進行RT-PCR檢測。實驗結果顯示本GeneStoreTM保存液針對病毒RNA室溫下保存60天后,Ct值依然未升高,且保存效果明顯優于對照產品(SupplierL)。

02、細菌樣本核酸保存

“紀者們”也開發了系列可用于細菌類微生物樣本中的核酸保存技術。細菌樣本保存領域中,難度最大的為痰液樣本中結核分支桿菌(MTB)及其DNA的保存,針對該應用“紀者們”專門進行了技術公關,成功實現了用于痰液樣本采集、運輸和保存所需要的保存液技術,可確保樣本中細胞、細菌、病毒、支原體等類型核酸(DNA)的穩定,同時保持MTB測試的活力,可用于顯微鏡涂片檢查、微生物培養以及RT-qPCR檢測。現在已廣泛應用于結核桿菌檢測領域;此外,該款產品也應用在了肺癌脫落細胞、肺炎鏈球菌、肺炎支原體和呼吸道病毒等的核酸檢測中。

注:當前,結核病依然是主要的全球性健康問題之一。據WHO估計約1/3的世界人口(或20億人)感染有結核病。在結核病的早期診斷中,痰液是最常被采集的呼吸道樣本。痰液為一種高度粘液狀樣本,從采樣到實驗室進行培養、涂片和顯微鏡檢查之前,必須經過液化和去污染處理。CDC推薦的標準處理方法為“N-乙酰基-L-半胱氨酸(NALC)/氫氧化鈉(NaOH)法”,利用NaOH殺滅污染的細菌,同時幫助樣本液化,但也顯著損害了分枝桿菌(MTB)的生存能力,從而降低了培養檢測的靈敏度。

GeneStoreTM技術助力分子診斷DTC市場

GeneStoreTM核酸樣本保存技術在DTC市場中已受到眾多客戶的喜愛,使得“用戶手機端App下單——采樣器居家采樣——普通快遞運輸——實驗室檢測——APP報告”的過程,無論春、夏、秋、冬均可得以輕松實現,應用在了消費級基因檢測、攜帶者篩查、遺傳健康風險、藥物基因組學、癌癥風險檢測、低風險普通健康檢測和祖源檢測等眾多基因檢測市場。



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